為讓花蓮國際商港增添土地活化利用及港埠整體發展的效益，由交通部航港局辦理花蓮港16號碼頭客運大樓報廢拆除工程，以作為未來花蓮港規劃藍色公路基地使用，該局依政府採購法上網公開招標並於106年10月16日完成與廠商簽訂合約，全案工程已於107年1月中旬拆除及驗收完竣。
航港局表示，花蓮港16號碼頭客運大樓於69年4月30日購建，原係供基隆-花蓮間航行之花蓮輪靠泊使用，後因花蓮輪停駛改由行政院海岸巡防署承租使用，由於花蓮地區地震頻繁，建築結構強度不足，安全堪慮，加上屋況老舊不堪使用，重新整修費用不符效益等因素，為有效開發活絡港區營運效能，推動花蓮港觀光遊憩業務，創造更多的商機，依台灣港務股份有限公司建議予以報廢拆除。
航港局指出，依行政院核定之「台灣國際商港未來發展及建設計畫(106～110年)」，花蓮港發展定位為「東部地區貨物進出港及觀光遊憩港」，考量花蓮港未來整體發展及藍色公路船舶特性，未來將由台灣港務股份有限公司以引進公民營企業之投資開發方式規劃16號碼頭與後線土地為常態性客運使用，將可成為萬噸級客輪、遊艇靠泊區域，初估實質年收益約新台幣1,665萬元，預期可整合周遭港埠區域發展，發揮實質綜效。
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