2016總統大選結果國民黨大敗，在總統候選人朱立倫於晚間7時宣布敗選請辭黨主後，行政院長毛治國隨後宣布請辭，發布新聞稿表示，為了避免因政黨輪替，行政院無法進行重大決策，他已向總統請辭，不接受慰留。
圖說：行政院長毛治國16日巡視第14任總統副總統及第9屆立法委員選舉中央選情中心。（圖／行政院）
行政院長毛治國請辭全文：
中華民國第十四任總統、副總統及第九屆立法委員兩項選舉的結果，已經初步揭曉，全體選民已經做出了自己的決定。對於總統、副總統，以及各立法委員當選人，治國敬表祝賀之意。對於所有負責選務的同仁，能夠順利完成本次選舉工作，我也要表達誠摯的感謝。
選舉已經結束，新的民意已經產生，立法院新的多數黨也已經出現。由於從現在開始到五月二十日新任總統上任，有長達四個月的過渡期，為了避免在當前全球政經情勢極為嚴峻的關鍵時刻，我國卻因政黨輪替，致使行政院無法進行重大決策，而嚴重影響國家發展與全民福祉，因此，治國已向總統請辭，不接受慰留；並將依循憲政慣例於最短時間內率領內閣完成總辭程序，以便總統得於立院開議前，按照我國憲法雙首長制精神，安以期國家行政工作及早步入常軌。
前年底治國臨危受命接任行政院院長的職務，面對複雜的國內外政經情勢，一年多來行政團隊共同努力，為我國經濟與社會轉型打下了一定的基礎。目前立委選舉已經結束，新的國會多數黨已經產生，根據民主與責任政治的精神，我們已經有更好及更應該作的選擇：我們務必利用這個機會，建立由國會多數黨組閣的憲政慣例。唯有這樣，國家是幸、民主政治是幸。
謝謝大家。
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