有關議員質疑臺南查獲日本食品，未於第一時間通報，衛生局表示，臺南市政府對食品安全的稽查秉持著「源頭管理、阻斷貨源、上下游稽查」的原則，日前日本食品進口成為社會關注議題後，非常的重視，即於11月16日啟動小組專案稽查。
截至105年12月15日起共查到3種產品來自日本區食品(一件福島 一件群馬縣) ，其中二種產品是民眾自行攜帶進來販賣(395包) ，另一種產品是購自「蝦皮網站(共2包，1包自己吃完，另1包留在店面)」；一經查獲即依照程序辦理查扣貨物，釐清源頭並約談賣家，絕沒有隱瞞也不會隱瞞。
至於媒體提及的納豆、泡麵及鍋底等產品是在別縣市查獲，不是在臺南市；產品源頭商店如果是在別縣市則也會移給該縣市衛生局裁處，並在各縣市食藥科科長群組內公佈，以即時通知各縣市注意。
目前查獲個案大都是民眾網購或出國後自行攜入，這是查核漏洞，事實上，隨著網路發達及國人出國頻繁，類似食品管制問題已經成為食安把關重要課題，不單只是日本食品。且目前下架產品雖來自日本，但下架原因多為標示不明，或沒有中文標示，在檢驗結果還未出爐之前，就冠以「核食品」，不但有失公允，更容易造成恐慌，應該等到檢驗有結果後，再行討論。
日本進口食品依法都應以中文標示，如果標示不清或沒有標示都依法可處3~300萬罰鍰，即便有中文標示，也會稽查日文的原文說明並查明產地，或於查到固有記號後上網去查日本廠商的固有記號代表日本哪一個縣市，在行政流程上的確會比較費時。
針對食品稽查資訊即時公佈一事，在社會大眾對食品安全資訊要求越來越高的情況下，也會檢討標準作業程序，加速行政流程，用嚴謹的態度來早日公佈，以滿足國人知的權利。因此，市府衛生局已經在網站設立『核災食品稽查專區』，考慮食品安全、事件狀況，及違反情節等，針對民眾關切事項，將稽查資料圖表化，滾動式提供相關查核資料，以最嚴格標準，為民眾健康把關。
