2016澎湖遠航馬拉松在11月13日上午7時在治平、民族路口鳴槍起跑，共吸引來自美國、加拿大等5千多名來自國內外馬拉松好手參賽。行政院政務委員張景森亦熱情參與報名10公里組賽事。經過一番激烈競逐，全程馬拉松賽男子組由肯亞選手Cosmas matolo muteti以2小時36分14秒88成績脫穎而出，女子組則由同樣來自肯亞的Cecilia Wayua Michael以2小時48分20秒01成績奪冠。
開幕儀式在馬公市西瀛勝境牌樓旁史蹟公園舉行，清晨6點不到，紛紛聚集許多馬拉松愛好者，拉筋暖身，準備大顯身手，大會也特別安排舞蹈老師帶領大家做暖身操。縣長陳光復、立法委員楊曜、副議長陳雙全、議員陳慧玲、蘇陳綉色、黃春燕、馬公市長葉竹林、澎管副處長謝文達、遠航董事長張綱維、澎湖科技大學校長王瑩瑋，以及縣府多位一級主管等貴賓，也都到場為所有跑者加油打氣，現場並有遠航空姐團及來自烏克蘭模特兒沿路為選手加油。
陳光復表示，澎湖是世界最美麗的海灣，擁有美麗的風景，本次澎湖遠航馬拉松共有5118名選手報名，希望本項馬拉松賽事能持續舉辦，並結合其他運動賽事，吸引更多人來澎湖參加，欣賞澎湖美好的風景。
陳光復指出，今年有來自美國、加拿大、南非、肯亞及大陸選手參與賽事，去年2千多位選手參賽，今年有5千多位好手參加，期望明年擴大舉辦，能突破1萬位馬拉松愛好者參與。
2016澎湖遠航馬拉松共分為42公里全馬組、21公里半馬組、10公里挑戰組、5公里健走組等四個組別。今年42公里全馬組部份，有709位報名，比去年增加362位。21公里半馬組，有1,312位報名，比去年增加609位。10公里挑戰組有1,334位報名，比去年增加668位，而5公里健走組有1,763位報名，比去年增加368位，本項賽事年紀最大男、女生為89歲張占豪先生及86歲李陳玉花女士，由陳縣長頒獎以玆鼓勵。
各項競賽冠軍分別如下：
全程馬拉松賽男子組：Cosmas matolo muteti（2小時36分14秒88）
全程馬拉松賽女子組：Cecilia Wayua Michael（2小時48分20秒01）。
半程馬拉松賽男子組：陳鵬文（1小時23分01秒71）
半程馬拉松賽女子組：李瑋微（1小時25分59秒59）
短程路跑男子組：呂允博（36分49秒38）
短程路跑女子組：楊郁萱（45分47秒82）
