杜蘇芮颱風來襲，對台南市造成不少災情，其中國定古蹟五妃廟因金龜樹傾倒造成中脊壓樑毀損，雖未影響古蹟結構與風貌，文化局已經通報文資局，並已與文化部文化資產局巡查專家會勘，決議短期先以帆布覆蓋保護，損壞修復將納入目前進行之五妃廟古蹟修復設計，儘快向文化部文化資產局申請工程專案補助。

另外，此次因狂風豪雨嚴重，也對戶外空間造成嚴重災情，總計各園區有將近一百棵樹木倒伏；其中，總面積達56公頃，擁有超過五千棵樹木的山上花園水道博物館，就有70棵各類樹種全倒或半倒，由於不少傾倒的樹木就位於通道及入口，館方從明日起將封園三天整修；另外隆田文化資產園區也有20棵樹木傾倒，園區也將在明日封園一天，至於其他展館則未受影響，明日起正常營運，文化局呼籲遊客注意相關訊息。

東興洋行旁日式宿舍庭園咾咕石圍牆損壞。該棟宿舍未具文資身分，但文化局以老屋善待維護，先派員清理碎石並拉設封鎖線，以免影響巷道交通，並且調度機具廠商與人員，預計週一進場處理枝幹，以釐清建築是否受損。

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