台南虱目魚從2020年的量豐價低，到目前的量少價高，有媒體指稱是漁電共生所造成。台南市政府農業局則回應，當年出現量豐價低情況，因此部分漁民改養殖其他魚種，中央與地方政府還籌劃各種振興方案，並舉辦行銷活動協助漁民銷售大量虱目魚。如今卻被用來指稱是因為發展漁電共生，才打亂市場行情，還以當年盛產價格來比較現今非盛產期的價格，實在有失公允，有因果錯亂之虞。
農業局強調，這幾年因原物料等養殖成本提高，賣出價格勢必要調整，且虱目魚大出的季節在年底，總體而言，今年目前為止，台南的漁獲還足以支應市場需求。
農業局指出，三年多來，受到全球環境變化的影響，飼料成本漲幅有2～3成，加上人力成本增加等因素，虱目魚價格從三年前的低點，到近年的回升，雖吸引不少漁民朋友重回養殖行列，但整體產業仍有年齡老化等缺工問題，進而影響產業規模。
農業局表示，今年台南虱目魚的價格，池邊價從年初每台斤75元已逐漸回穩至每台斤約65元。台南虱目魚約七成供應水產加工廠，三成由盤商收購販售，目前產量尚充足，也已開始有漁民需先預約加工廠收購。預估主要產季10到12月的虱目魚價格，會更加穩定。
市府表示，全球人口結構的改變，為傳統漁村帶來產業轉變的衝擊，近年政府推動的漁電共生也提供了漁村另一種產業的蛻變，漁電共生本質是土地複合式利用，以養殖為主、綠能為輔，堅持環保及生態優先，讓養殖漁民、地主及光電業者三贏的綠能政策。
漁電共生案場之建置，依規定要求完成後必須恢復養殖達平均產量7成以上，台南市政府會持續進行案場養殖事實查核，杜絕假養殖真種電之不良案場，落實漁電共生政策，提高漁民收入並帶來綠能效益。
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