為改善七股潟湖及將軍溪水質，台南市議員陳昆和於市政總質詢及個人發言時，都建議施作佳里、麻豆污水下水道系統，增建佳里、麻豆污水處理廠，其回收水則可供應官田、麻豆、佳里、七股等4個工業區使用，此外，也能解決興建將軍海水淡化廠而引發的民怨困擾。水利局表示，2處污水下水道系統工程經費約93.9億元，將向內政部營建署爭取補助。
陳昆和市議員說，台南市府已啟用7座水資源回收中心，總經費531億元，溪南5座451.7億元，溪北2座79.2億元，分別是安南鹽水系統56.3億元、安平系統135.4億元、虎尾寮系統21億元、仁德系統109億元、永康系統130億元、官田系統21.8億元、柳營系統57.4億元。而大北門6個區0座，經費0元，這是地方民眾的悲哀。
陳昆和議員指出，將軍溪屬台南市管轄的區域排水，流經官田、麻豆、學甲及將軍等區，受畜牧、民生及事業污染影響，將軍溪中上游河段嚴重污染，污染源以畜牧污染最嚴重，次為事業污染，民生污水第三。而七股溪、佳里排水、大寮排水則直接注入七股潟湖，也造成七股潟湖持續淤積和污染，嚴重影響養殖業發展。
陳昆和議員說明，為改善將軍溪及七股潟湖污染，建議設置佳里、麻豆污水下水道系統，增建佳里、麻豆污水處理廠，2座處理廠的回收水，可供應官田、麻豆、佳里、七股等4個工業區使用，除有效解決工業區用水疑慮外，也能解決欲興建將軍海水淡化廠引發的民怨困擾。
水利局表示，感謝陳議員的提議，為改善將軍溪水質，已先針對上游人口密集度較高的官田區，推動官田污水下水道系統，待接管完成後，對上游水質改善將有助益。目前正研擬整併佳里、麻豆等鄰近區域污水下水道系統方案，依檢討方案，分2個系統改善將軍溪等河川水質。
水利局指出，研擬將佳里、將軍及西港等3區，整併為佳里污水下水道系統，經費約57.7億元，處理污水量為16000 CMD。另外，將麻豆、學甲及下營等3區，整併為麻豆污水下水道系統，經費約36.2億元，處理污水量為14000 CMD。總工程經費約93.9億元，將向內政部營建署爭取補助。
