全國疫情升三級警戒，台南市政府也推出應變措施，包括加強未戴口罩執法、進行全市大清消、以及與行政院同步實施簡訊實聯制系統。
針對全市清消的部分，環保局表示，已募集盤點完市內所有清消相關物資與機具，目前非常充足，除了確診足跡的清消已完成外，已開始針對重點公共場所，進行定期的清消作業，包括三大轉運站(新營、麻豆、台南)、火車大站、大型公園35座公廁每日清消、公有市場59座每日清消，以及大型工地消毒。
環保局也設置居家檢疫/隔離者檢疫期間生活垃圾收運專線(06-2686610)，專車收運居家檢疫或隔離戶、檢疫旅館等場所的垃圾，以降低垃圾運輸過程病毒外流的風險。若有此需求民眾可於上班時間撥打專線，也提醒一般民眾丟垃圾時一定要記得戴口罩。
針對營運場所部分，黃偉哲也正式宣布，由於進入三級警戒，台南市市內860家自助無人選物販賣，有鑑於現在有許多學生不用上課，擔心無人監控防疫情形，宣布自即日起全面禁止營業。此外傳統市場及商圈周邊飲食攤或小吃店屬一般餐飲業，目前雖未強制禁止內用，但仍呼籲業者要配合實聯制，座位區加裝隔板、採梅花座或拉大座位距離等防疫措施。
由於行政院也公布了「簡訊實聯制」，民眾只要掃描店家或公務機關提供的QR Code或者以簡訊輸入店家代碼，不需要再填寫個人資料即可完成，台南市政府也在第一時間跟行政院同步，開始實施簡訊實聯制系統。
目前台南市簡訊實聯制推行場所包括鐵公路、高鐵站場、轉運站以及市政府。黃偉哲也呼籲市內民間賣場盡速跟中央申請使用此系統，除了方便快速，且消費者個資也不會外流到民間機關，中央也只會保留28天，請大家放心使用。
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