憲兵遭控違法濫搜事件，引發各界撻伐，重創國軍形象，立委段宜康指出，下令違法濫搜的政戰局保安處是台灣軍中特務遺毒。根據壹週刊報導，濫搜事件主導者並非憲兵隊，幕後其實是國防部「軍事安全總隊」在主導辦案。軍安總隊人員不具司法調查權，卻指揮憲兵進入魏姓網友家搜索，行徑相當離譜。
軍方涉嫌違法搜查案曝光，朝野各界批判猶如「白色恐怖再起」，國防部長高廣圻親上火線赴立院公開道歉，並將參與案情的政戰局保防安全處長趙代川及台北憲兵隊長呂正芳調離現職。
在這次事件中，憲兵成為眾矢之的，然而根據壹週刊指出，罪魁禍首並非憲兵隊，主導辦案其實是「軍事安全總隊」，他們的直屬長官、國防部政戰局保防安全處處長趙代川少將，才該負最大責任。
根據媒體報導，軍安總隊的編制有300多人，平常執行任務不穿軍服，會以民間身分執行滲透任務，主要負責反共諜、反情報跟洩密案，甚至被稱為「現代東廠」。早在20年前，軍安總隊就因濫權而爆發江國慶冤殺案。
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