有關南鐵案為站區土地開發而東移之誤解，台南市政府8日強調「台南市區鐵路地下化計畫」之用地取得及環境影響評估爭議歷經監察院調查、環境影響評估行政訴訟、各級都市計畫委員會審議等，已經過多次言辭辯論證實全案確無東移擴大徵收範圍、無違背環境影響評估法、無規避環評、無違反行政程序、無財團介入等情事。
市府表示，鐵路地下化工程絕無開發利益。行政院98年9月核定「台南市區鐵路地下化計畫」所需工程用地取得方式係採行協議價購、一般徵收方式等，刻由需地機關（交通部鐵道局）辦理協議價購作業，並無鐵路沿線兩側100公尺區段徵收開發計畫。工程用地範圍及公園道土地全數供作交通事業及市區道路公共使用，並無移作其他開發建築使用。
部分人士指稱政府為站區土地開發利益將鐵路東移，市府澄清指出，「台南市區鐵路地下化計畫」總經費293.6億元全數由政府出資興建，毋須取得私有土地進行開發來籌措財源、挹注建設經費。且臺南站區面積約10公頃，其中公有土地佔95％以上，分屬交通部臺鐵局、文化部、財政部國產署所管有，市府並無土地利益。
市府說，鐵路地下化專案照顧住宅是基於對於地下化工程之拆遷戶的居住照顧，市府專案提供，以先建後拆的方式，確保拆遷戶的居住權。其性質係法定安置外提供受拆戶的選擇權，並無強制性。受拆戶若有更適當的選擇，政府也樂觀其成。截至107年7月，已登記申購專案照顧住宅之受拆戶216戶，約129戶陸續交屋，足證專案照顧住宅獲得相當比例受拆戶的支持。
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