台南市醫師公會是全國唯一合併成功的醫師公會，台南市醫師公會理事長王正坤醫師宣稱這是醫界和諧典範，台南市醫師公會與台南縣醫師公會合併成功，再創佳績。
圖說：台南市醫師公會新會館落成，全國唯一合併成功的醫師公會。
台南市醫師公會理事長王正坤醫師感謝全體理監事們的群策群力及會員們熱心支持，大家同心協力，而獲得此豐碩成果，堪為台灣社會的典範，希望能為內鬥激烈的台灣社會增加一些正面的力量。
台南市醫師公會於民國35年1月1日成立至今近70年，成立當時會員數47人，因應台南縣市合併，原台南市與台南縣醫師公會經過召開多次合併會議，歷時兩年，最後於民國101年4月8日正式成功合併為社團法人台南市醫師公會並選出第一屆理監事。
至104年2月底總會員人數增為3418人，其中診所醫師1374人、醫院醫師1943人，包含2家醫學中心-成大醫學院附設醫院、奇美醫院，大型醫院7家-柳營奇美醫院、台南市立醫院、台南新樓醫院、郭綜合醫院、衛生福利部台南醫院、台南市立安南醫院、麻豆新樓醫院，小型醫院26家、診所1024家。
兩公會原會館民生及新營會館因場地不敷使用又停車不便，最後考量會員交通便利，因此選在高速公路仁德交流道旁成立新會館。新會館由設計奇美博物館之蔡宜璋建築師事務所設計監造；勝冠營造有限公司承包。
籌備合併階段，兩公會以99年12月31日為計算基準日，經計算結果：原台南縣公會財產合計2378萬5920元，原台南市公會財產合計4718萬8732元；原台南市醫師公會資產較多，原台南市與原台南縣雙方總財產差額達2340萬2812元。台南縣會員1403人，台南市會員1644人，若依會員人數比率調整來計算財產差額，原台南市多出1931萬 7000 元。
經決議提撥小部分金額（約300萬），依年資抵繳原台南市醫師的會費或退費，剩餘約1637.3萬元捐贈給合併後之新台南市醫師公會做為購買新會館之用，並於100年8月底完成退費作業，總計原台南市公會捐贈新會館成立基金金額為 1637.3 萬元，並於新會館建築物上記錄此事。
