行政院交通部5月2日在前瞻基礎建設第二期特別預算(108-109年)籌編審查會，正式加入萬大線第二期計畫。本計畫審查期間，新北市政府訴求將本計畫放入前瞻計畫，立法委員蘇巧慧、吳秉叡、吳琪銘更積極協調交通部，並拜會林全前院長及賴清德院長尋求支持，賴院長深感此路線對新北市民重要性，責成交通部加速審查程序。
萬大線建設計畫業於99年2月12日行政院核定，興建期採分二期開發，並請臺北市政府於100年底前擬具整合捷運與土地開發計畫報核，據以調整財務計畫及提高自償率。99年至105年底，本計畫第二期路線財務計畫因臺北市政府及新北市政府就報告書內容、財務估算、計畫期程及都市計畫變更等細節未取得共識。
105年12月8日雙北副市長召開推動會議方同意確認推動，106年1月26日臺北市政府始函報萬大線第二期財務計畫，交通部於106年4月24日函復該府初步審查意見，並於106年8月31日召開交通部委員會議審議通過，經臺北市政府106年11月3日函報修正報告書，交通部於107年1月5日將本案函報行政院，107年3月14日行政院秘書長函復「請重新檢討修正後再行報院」。本計畫已近完成審查程序，故納入前瞻計畫第二期特別預算加速執行。
本計畫自萬大線第一期LG08站延伸，沿土城金城路、中華路，再轉城林大橋南側，跨越大漢溪後，進入板橋溪城路西側左轉樹林中華路北側，轉接八德街、大安路後，轉回樹林中正路續行至新莊中正路，與新莊線迴龍站銜接轉乘。本路線經土城區、板橋區、樹林區、新莊區，路線長度13.3公里(地下段2.8公里；高架段10.5公里)，採中運量系統型式，總經費558.8億元，中央補助181.95億元。
萬大線二期滿足新北市土城、板橋、樹林、新莊地區間旅運需求，並整合新莊線、土城線，擴大捷運系統的服務範圍，發揮整體運輸效益。
