台南市將軍漁港內水域水深及靜穩度良好，風景優美，公共設施完善，港區腹地寬廣且交通便利，臺南市政府為有效利用港區土地，促進港區繁榮發展，目前積極推動將軍漁港轉型為兼具漁業及觀光休閒多元化漁港。漁港所表示，客輪業者看好「將軍漁港」是臺灣到澎湖捷徑的起點，有發展為觀光漁港的地理條件，除將軍－東吉藍色公路航線「東吉福氣號」客輪業已起航，另將軍-龍門港藍色公路航線「夏威夷7、8號」預定於107年4月開始啟航，提供民眾出遊澎湖新選擇。
漁港所表示，市府也公告將軍漁港載客小船受理營運申請範圍，看好遊憩發展業者，可以提申請營運計畫，送經市府審核取得營運許可，即可於漁港內經營載客小船，後續期許能開闢將軍漁港之環港旅遊藍色航線，推動結合將軍漁港、青山漁港、牡蠣養殖區以及扇形鹽場等沿海產業區域之生態觀光旅遊，以及鄰近之青鯤鯓、馬沙溝等聚落之人文觀光旅遊。
因此，藉由發展藍色公路及串聯港區周邊景點，並結合觀光旅遊及漁港傳統漁業特色，以政府力量促進各行各業合作，將能有效提升臺南、澎湖兩地之觀光效益，為遊客創造一趟美妙、回味無窮的遊程。
漁港所指出，將軍漁港具有一座結合魚貨直銷、旅遊服務的現代化假日漁市，經由臺61線西濱快速道路及臺17線省道都可到達，因鄰近馬沙溝濱海遊憩區，且沿海旅遊的中心點觀光魚市大樓經重新打造後，已蛻變成讓遊客可一邊欣賞美麗海港美景、夕陽、一邊可品嚐現撈美味海鮮的觀光漁港。
港區周邊景點眾多，有馬沙溝濱海遊樂區、香雨書院、漚汪文衡殿、馬沙溝長沙里3D立體彩繪村、臺南夏日音樂節，往北則有烏腳病博物館、北門區遊客中心、水晶教堂、北門錢來也雜貨店、井仔腳瓦盤鹽田等景點，可深入體驗濱海風情；往南則有七股鹽山、七股遊客中心、臺灣鹽博物館、七股觀海樓、青鯤鯓、龍山漁港、搭船遊潟湖、觀賞紅樹林、黑面琵鷺生態園區等景點，具相當豐富之生態旅遊資源。
