三年前的莫拉克颱風造成臺東縣太麻里溪流域近50年來最大的災害，其工程由水利單位評估為「最嚴重」、「最困難」、「河道變形最鉅」為「三最」之稱。在農地流失部分，行政院重建會協調經濟部水利署及臺東縣政府進行太麻里溪農地回填作業，面積達215公頃，為全台最大回填面積，相當於300個足球場面積。重建會並成立「太麻里溪堤防農田復建推動專案小組」，協調相關單位投入資源，並解決當地用水、用電與公有土地取得之各項問題，於重劃區內農民亦逐步進行復耕，待非重劃區於明年中旬完成農水路工程後，太麻里地區農地回填工程，將全面完工。
行政院重建會說明，莫拉克風災前太麻里地區農地原已有規劃重劃區與非劃區之分，災後針對既有農地進行回填復建工程，在農地重劃區部分因農水路為既有設施，由行政院農委會統籌規劃，在非重劃區部分則由縣政府主政處理。因此，在既有重劃區部分，除農地回填共155公頃外，政府並完成11件農水路與取供水復建重大工程，共計投入復建經費達12.96億元，經相關單位之共同努力下，已於101年1月完成交耕，並回復其原有設施等。
另德其段及泰德段60公頃，因係屬非重劃區，考量農民農耕需求，經本會多次與自救會、行政院農委會及臺東縣政府協調，本區仍比照重劃區規劃農水路設施，並由縣政府善款支應2千萬元、行政院農業委員會匡列3千7百萬元進行農水路復建工程，本案已列入「莫拉克颱風災後重建特別條例施行期滿未及執行計畫與工作」事項，目前由臺東縣政府研提公有土地撥用計畫後，即可施作相關工程，預計於102年7月完工。
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