馬公機場使用迄今達55年之久，受澎湖縣東北季風及鹽害腐蝕影響，跑道及滑行道破損及混凝土剝落嚴重，機場曾因多次跑道或滑行道破損關場搶修，對飛安、營運造成嚴重影響，經交通部核定於民國99年6月進行跑道及滑行道之整建、整修工程。
旅遊處進一步說明，經瞭解高雄國際機場跑道長度3,150公尺、寬60公尺；松山國際機場跑道長度2,605公尺、寬度60公尺；馬公機場跑道長度3,000公尺、寬度45公尺，因此在長度上馬公機場符合國際機場之標準，縣府並表示，雖然跑道寬度會限制大型機型的起降，但對於機場的飛行安全及維持正常營運，全面提升飛航安全服務品質不容延宕輕忽，因此希望施工單位在跑道暨滑行道道面設施整建暨改善工程務必如期完工甚至提前完工，俾利澎湖縣觀光之推動及聯外交通的便捷性。
預定於102年12月29日完工，唯受到近期颱風暴雨等異常天候之影響，整體進度稍有落後，據交通部台灣區國道新建工程局第二區工程處表示，該工程為配合維持馬公機場正常營運，大部分工程必須利用夜間施工，該處己要求承包商積極動員全力追趕落後之工程進度，9月份將可恢復整體工程進度。
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