台南市政府持續推動河川污染改善，透過科技儀器強化稽查取締，同時積極爭取經費投入污染治理。其中，二仁溪水質嚴重污染長度比例已由民國91年的100%大幅下降至113年的21.5%，污染降幅顯著。此外，環保局向中央爭取的 12.5億電子廢棄物清除計畫，目前已由行政院審查中，待核定後即能啟動清除作業。
三爺溪為二仁溪主要支流，市府積極推動永康、虎尾寮、仁德等地區的污水下水道建設，並維運4座水淨場。去年完工的虎尾寮水資源回收中心功能改善與擴建工程，透過排水截流方式，淨化上游水體並回送至三爺溪，每日處理量達2.7萬噸，目標提升上游河段水質至中度污染以下。
水質改善可從生態變化窺見一二，環保局調查發現，二仁溪魚類數量逐年增加，物種由101年的30種提升至41種，近年發現台灣特有種假鋸齒米蝦重返流域，另二仁溪口已連續3年記錄到黑面琵鷺現蹤。
環保局指出，為徹底解決二仁溪電子廢棄物污染問題，112年已向環境部爭取近千萬元經費，於南萣橋上游450公尺處行水區內試辦乾溼分離回收方式，並搭配相關檢測程序來達到廢棄物類別分選的需求。113年再提出 12.5億元的第二期經費補助計畫，申請中央補助，預計清除1.7萬公噸，目前由行政院審核中，一旦核定，將迅速投入清除作業，加速二仁溪水環境改善。
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