頭前溪是新竹地區主要民生用水主要來源之一，新竹縣政府環保局透過近期中央數據計算，頭前溪流域的RPI（河川污染指數）均於2以下，屬「未（稍）污染程度」，在全國26條中央轄管河川排名第2名，檢測結果均符合飲用水源水質標準。為確保新竹縣自來水地區的飲用水水質安全，新竹縣政府環保局定期監測頭前溪水域水質，並每年協助環境部對頭前溪水域水質難檢測的重金屬、農藥、新興污染物項目進行抽驗，嚴格把關縣民的飲用水水質。
環保局於頭前溪流域設置有2處水質連續自動監測站，包含主流上的興隆大橋測站（隆恩堰取水口旁），及支流的鹿寮坑溪鐵橋測站（鹿寮坑溪匯入頭前溪前），自動監測項目涵蓋水質基本測項及河川污染指數各測項，自2022年4月啟用連續自動監測至今，兩處自動監測站的河川污染指數，皆以未（稍）受污染為主。僅有極少數時段，因受大雨沖刷上游泥砂造成懸浮固體升高，使該時段河川污染指數短暫轉為輕度污染，此屬環境天候因素造成。
縣府持續監控頭前溪水質
針對頭前溪底泥遭污染影響飲用水水質一節，環保局回覆說明表示，研究團隊於頭前溪上中游的油羅溪馬胎段、鹿寮坑溪與湳雅取水口和隆恩堰取水口等4處，採樣河川表層與深層底泥，採樣結果重金屬鎳含量普遍超過底泥品質指標下限值(鎳為24.0 mg/kg)，考量污染物質會吸附也會脫附，檢測結果可用以檢視長期累積的複合性污染源。
環保局亦表示，惟參考國家環境研究院底泥中金屬檢測方法，概以強酸進行消化後測定。但現實環境中，頭前溪水質pH約為6~8之間，底泥中重金屬以固體型式存在吸附於底泥中，並不易直接脫附、溶解進入河水，造成水質惡化，並且各主管機關亦針對取水口水源及處理後水質嚴格把關，在淨水系統中以混凝、膠凝、沉澱二級處理將水中污染物去除，實際上底泥中重金屬經淨水程序後，無論以固態、離子型態均難以直接影響自來水水質，民眾可安心使用。
