4月19日起陸續發現新店溪至淡水河交匯處兩岸有魚群暴斃，雙北已啟動「死魚緊急應變機制」，新北環保局表示，採樣水質結果顯示無急毒性及重金屬反應，沿線巡查也未發現異常排放廢水情形，打撈魚體有部分已些微腐敗，經諮詢專家，研判主要死亡原因可能為水體低溶氧所導致的情形。因死魚範圍橫跨雙北，已聯合進行清除作業，期儘速完成打撈作業。
環保局指出，死魚分佈範圍包括忠孝華江碼頭、臺北市端的中興橋到重陽橋間。於19日下午5時許稽查員至忠孝碼頭現場稽查，目視水體呈清澈，現場檢測水質pH8.16、水溫25°C、溶氧4.29mg/L，經由簡易測試包測試COD及重金屬等未有急毒性反應，20日上午7時許再派員前往上游段華江碼頭稽查發現溶氧值偏低僅1.11mg/L。
環保局說明事件諮詢嘉南藥理大學黃大駿教授，其表示依魚體照片判斷，魚隻多為體長超過30公分的烏魚，其死亡時間應已超過12小時。判斷應在凌晨時間溶氧較低時段死亡，死亡位置推斷為台北橋至忠孝橋附近，因受潮汐影響推至新店溪交匯口。依現場死亡魚隻照片判斷，死亡魚隻體型偏大，其主要死亡原因可能為水體低溶氧所導致的情形。
經環保局分析近3年魚群暴斃最常發生的月份為4月起至夏季，4月份為新店溪年度統計流量中最低之月份，後續至夏季期間，包含溫度急遽變化，水中底泥厭氧反應旺盛等因素，導致水環境缺氧，不耐缺氧環境的魚種即會死亡。新北高灘處表示，由於死魚事件因流域範圍橫跨雙北，已聯合進行清除作業，20日雙北共派出19艘打撈船及50餘名人力，並在忠孝碼頭跟華江碼頭各架一條攔污繩配合加速撈除作業。但受到漲退潮影響，增加打撈作業難度，將儘速完成清除作業。
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