台南鐵路地下化延伸到永康可行性研究案，經市議會同意後，國發會竟要求台南市議會送審的同意函要包含『同意地方政府負擔經費未如期到位，中央得自地方政府當年度或以後年度之計畫型補助款，先行抵扣或支付』。此舉引發多數議員的不滿，8日在臨時會中砲轟中央破壞憲政體制。議長邱莉莉最後裁示，針對國發會審查意見，請交通局將其他縣市鐵道工程案例，提供給議會8月17日進行結論。
市議員蔡育輝說，地方預算不只要做鐵路地下化，還有非常重要的健保補助、公務員調薪、警局消防局人手不足應儘速補足，台南捷運本來二條現在變五條，地方預算都要量入為出，國發會用小小的作業要點，要求議員『空白授權』，此舉不但剝奪未來議員監督審查預算的權利，限制財政收支劃分法和地方制度法，更嚴重破壞憲政體制。
市議員王家貞說，財政收支劃分法規定中央負擔多少？地方負責多少？台南市政府是小三生的嗎？中央浪費這麼多，前瞻八千多億元，防疫預算又八千多億元，對地方卻錙銖必較。
市議員曾培雅也不同意國發會要求，她認為議會不需同意中央以後可以先行扣抵。
市議員許至椿和盧崑福說，此案爭議非常大，提這案是要陷議員於不義。
市議員林燕祝和林美燕說，交通局應把話說清楚，預算逐年編列編足，就不會發生苛扣預算的事情。
市長黃偉哲則說，希望議會同意是全國一致性作法，但因牽涉中央地方分權，及未來議員權利，會請市府法制處跟中央反映問題癥結所在。
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