1998年臺灣爆發大規模腸病毒71型疫情，140萬名孩童感染，造成405名兒童感染重症，其中78例死亡。郭綜合醫院小兒科林亭妤醫師指出，之後數年，臺灣持續出現腸病毒71型感染重症病例。
林亭妤醫師表示，腸病毒71型的流行高峰在夏季，腸病毒重症每三到四年有一波流行，感染腸病毒71型後發生神經系統併發症的比率特別高，依據疾管署監測資料顯示，重症致死率約1.3%~33.3%。
其中又以5歲以下幼兒居多，約佔所有重症病例90%。常見初期症狀包括39℃以上高燒超過3天、手、腳及口腔黏膜出現針頭大小紅點的疹子或水泡等。
若患者開始出現嗜睡、意識改變、活動力不佳、持續嘔吐、手腳無力、肌躍型抽搐、呼吸急促或心跳加快等病徵，就代表病況危急、需要緊急送醫，如未及時治療，發病後3至7天內就可能引發腦幹腦炎、心臟衰竭、肺水腫、肺出血等重症。
林亭妤說明，台灣腸病毒71型不活化疫苗自2002年開始研發，使用當時流行的B4基因型病毒株去活化後作為疫苗，目前已有兩家廠商成功研發出腸病毒71型疫苗，分別為高端與國光／安特羅，已獲得食藥署許可，最快將於今年7月開始施打，施打對象為2個月～6歲之兒童。
這類全病毒型非活化腸病毒71型疫苗，可交叉保護不同基因型(如B5、C4)的71型腸病毒。高端腸病毒71型疫苗根據第三期多國多中心臨床試驗顯示，預防腸病毒71型疾病效力達96.8%；國光／安特羅腸病毒疫苗目前僅有血清保護率數據，第三期臨床試驗正在進行中。
林亭妤醫師強調，台灣兒童感染症醫學會建議所有兒童滿 2 個月至未滿 6 歲，應接種腸病毒71型疫苗，不需考慮是否感染過腸病毒。6歲以上兒童，非目前腸病毒71型疫苗通過核可之適應症，且感染腸病毒71型後重症比例較嬰幼兒低，是否接種此疫苗，可依家屬意願討論後決定。
