全國50條重要河川，污染來源來自於日常生活污水、畜牧廢水及事業廢水，環保署透過加強源頭減量、污水截流現地處理等污染管制實際作為，將嚴重污染河段長度比率由99年5.5%下降至107年3.8%；整體河川污染指數(RPI)平均由90年3.91已改善至107年2.56，河川整體水質均明顯獲得改善。
為持續改善我們的河川水質，環保署持續掌握河川污染來源，積極與目的事業主管機關合作推動河川污染改善措施，共同降低河川污染負荷。環保署將全國地面水體，依污染程度（河川）、重金屬超標情形（河川、各類用水取水口）篩選中度或嚴重水質測站、指標污染物等受損水體，作為優先整治對象，相關執行作為包括：
（一）總量管制
為使特定區域發揮最大之整治成效，環保署篩選具總量管制需求之水體，擬定實施原則供地方政府參考，由地方政府擬定管制方式執行。至107年共有桃園市、新竹市、彰化縣、臺中市、苗栗縣及高雄市等6縣市7水體完成總量管制區劃定及公告總量管制方式，與新北市、新竹市、新竹縣及臺南市等4縣市5水體之加嚴放流水標準發布實施。
（二）推動現地處理設施
為解決生活污水污染問題，除了營建署加速推動污水下水道工程（含污水截流）之外，對於偏遠、零散或污水下水道系統緩慢或未到達之區域，環保署配合建置現地處理設施，截取排水處理，以控制排入河川之水質。
（三）加強稽查管制
針對事業廢（污）水排放管理，環保署每年皆補助地方政府購置科學儀器來追蹤污染排放，打擊不法犯罪，杜絕非法排放行為。
（四）畜牧糞尿資源化
為改善畜牧廢水排入河川造成之衝擊與影響，環保署推動畜牧糞尿資源化利用，資源化共有三種途徑：一是厭氧發酵沼氣用來發電，沼液沼渣作為農地肥分使用；二是畜牧糞尿依農業事業廢棄物再利用管理辦法進行再利用；三是經處理至符合放流水標準，經水污染防治許可核准後，放流水作為澆灌之水資源利用。此外，為使畜牧場糞尿資源妥善利用，環保署補助地方政府購置貯槽及沼液沼渣施灌車輛，提升農地肥分產能。自105年底開始推動畜牧糞尿沼液沼渣肥分使用政策，媒合農民及畜牧業合作施灌，迄今已有550家以上畜牧場申請通過。
（五）加速推動污水下水道工程（含污水截流）
河川生活污水污染改善最有效的手段即是推動建設公共污水下水道系統，環保署主動協調營建署積極推動污水下水道系統，經統計107年度公共污水下水道普及率成長1.76%、專用污水下水道普及率成長0.12%、建築物污水設施設置率成長0.48%。興建污水下水道為處理生活污水之根本，可確實達成家庭污水污染削減之成效，惟污水下水道建設需較長期程，在部分未完成家戶接管地區，環保署優先補助地方縣市先採行污水截流處理，避免過多生活污水直接排入水體，減少河川污染。
（六）事業深度查核及功能評鑑
為避免河川水體受事業污染，環保署補助地方政府進行例行性事業稽查，針對部分重點事業進行深度查核或功能評鑑，比對事業基本資料、設施操作紀錄、設施功能查核等，派員輔導查核事業了解操作廢污水處理設施情形，未妥善操作者立即要求改善。
（七）推動河面垃圾攔除
為解決及改善河面垃圾污染河川，環保署邀集相關部會合作，執行巡檢、設置攔除點，攔除垃圾及指定分類，並建置「地面水體垃圾攔除管理系統」管理。統計108年上半年全國地面水體垃圾攔除總重已達2萬2,566公噸以上，數量較往年提升許多，顯示跨部會整合地面水體垃圾攔除資料有其必要性。
環保署表示透過推動污染削減改善作為，研訂總量管制方式，加強部分事業密集地區之管制力道，提供地方政府多元改善作為，以確保目標達成無虞，藉由中央與地方齊頭並進，讓河川恢復以往的乾淨及原先的生態環境，河川會呼吸了，環境變好了，居民、城市和河川一同共生，逐步為生活創造出鳥聚、魚游、水清的美麗水環境。(行政院環境保護署廣告)
重要河川90年至107年河川污染指數（RPI）變化圖。
