連江縣政府推廣馬祖藍眼淚之旅，「藍眼淚現象」則被美國CNN列為世界15大奇景之一，觀賞期為每年四到九月，其他月份可到「藍眼淚生態館」觀賞科技培養之藍眼淚及藍眼淚4D影片。
馬祖列島是閩江口外的一串美麗珍珠，位於臺灣海峽西北西方，四面環海隸屬于連江縣，包含南竿、北竿、東莒、西莒、東引、西引等島嶼，軍事遺跡戰地景致，如軍艦、營區、古炮、鐵堡、碉堡和坑道等，形塑了極特殊的觀光特色與戰地風貌。
馬祖的棲息草地、落葉，象徵土地的健康無毒、無光害，東莒黃緣雌光螢與北竿雌光螢為馬祖每年春季的生態旅遊揭開序幕。每年7月至10月生態賞鷗暨海上看馬祖活動，是馬祖最具特色的生態旅遊，從北竿橋仔港出發，沿途可欣賞馬祖沿岸獨特的地質景觀，海上無人島周邊海域及東引安東坑道旁懸崖峭壁附近，飽覽各種燕鷗滿天飛舞的海天一色。
還有臺灣唯一，世界第二，媲美法國的方塊海。有著『馬祖地中海』之稱的北竿芹壁，是馬祖閩東建築最具代表性聚落。天后宮位於馬祖村，是島上媽祖的信仰中心，信仰者眾，香火鼎盛。曾為全世界最高的石造媽祖神像，位於馬祖南竿島西方的馬祖港邊，高度約28.8公尺，整座馬祖巨神像主體是由365塊花崗岩為主結構興建，象徵365日、日日平安。而馬祖的「藍眼淚現象」則被CNN列為世界15大奇景之一，每年吸引無數的國內外觀光客前往觀賞。
藍眼淚或藍海現象，甚至是藍色啤酒海這些名詞都是指向一種夜光蟲(渦鞭毛藻)，當海裡含有大量氮和磷等有利藻類生長養分的時候，大量海藻就會迅速生長，形成藍眼淚，經過海浪的驚擾而在海面上發出淡藍色的螢光，美麗的藍眼淚過往在馬祖地區被稱為「丁香水」，相傳看到這種生物大量出現，以它為食物的丁香魚群就會過來。
想看見藍眼淚，不只季節、風向和地點都要對，且須在無光害的環境下才能一覽奇景。當夜光蟲的數量不夠多時，僅用肉眼難以看見。當馬祖近岸開始出現微量赤潮，就表示藍眼淚準備進入爆量期。此時若攝影者以B快門長時間曝光，並將相機的白平衡色溫設定調低，透過拍攝原理，攝影畫面會呈現驚奇的藍色魔幻魅力。欣賞藍眼淚的最佳時機在每年3月到9月，但4月至6月的數量最多，馬祖4鄉5島最適合觀淚又安全的「25個淚點」如下：
(A)南竿：福澳港、大漢據點、鐵堡、55據點、26據點、牛角澳口、北海坑道。
(B)北竿：馬鼻灣、08據點、塘后沙灘、橋仔沙灘、白沙沙灘、坂里沙灘。
(C)東莒：福正沙灘、大埔石刻海灘、猛澳沙灘、神秘小海灣。
(D)西莒：青帆港、菜浦澳、坤坵沙灘。
(E)東引：中柱(堤)港、中柱島、北澳、國之北疆、清水澳。
另外，馬祖擁有第一座具有高互動性的自然遺產生態主題館。生態館主要分為三個區域：資訊區、影音互動區、藍眼淚體驗區，這裡的藍眼淚由人工養殖沒有季節分別，一年四季都可以看見馬祖藍眼淚。馬祖藍眼淚生態館以預約方式憑票入場，每梯次上限為30人，觀光詳細可至兩岸台商網瞭解。歡迎大家一起來馬祖「卡蹓」，一同體驗馬祖小鎮閩東風情的知性與人文之美。
