近年來南市發掘眾多遺址，包括西羅殿南河港河道、清水寺前枋溪舊河道、原台南警察署的疑似龍王廟建物、三分子日軍射擊靶場遺構、和永福國小原台南道署等，市府卻未妥善維護，出土後未被活用，日後也難以列入國家文化庫，市議員邱莉莉29日要求文化局檢討改進。
邱莉莉指出，北區重興里的「三分子日軍射擊場靶溝」，民國97年即被合併前的台南市政府列入遺址，今年6月更通過審議成為市定歷史建築，但8月大雨，靶溝現場積水嚴重，並出現崩壞情況，當地居民和文史團體批評珍貴遺址沒有主管單位監督保護，南市編列專門預算成立考古中心負責「考古」，卻放任已挖出的遺址「作古」，文化古都的城市形象會受到傷害。
邱莉莉強調，文化局年初提報「台南府城」為國定古蹟，爭取台灣第一個以全區保存為概念的古城鎮古蹟，更應該對舊城區遺址做串連，做好赤崁文化園區、孔廟文化園區、五條港文化園區、歷史街區、南美館、司法博物館、文化遺址的銜接，用科技化方法紀錄，呈現遺址留存的現狀。
文化局長葉澤山答詢表示，三分子遺址區域目前由工務局規劃公園，淹水問題會納入解決，文化局也和購得該地的建商溝通，原本要刨除做地下室的部分，建商也同意原地保存，也不開發了，有些遺址涉及民間權益，有時處理期會比較長。而文化局成立考古隊就是考量台南處處遺址，目前作業流程可說已相當完備，考古中心是預防性考古，雖然只編列3人，但可透過委辦的方式處理，人力不是問題。
另外，南市有文資資料庫，無論有形或無形的文化資產包含遺址，都有做相關調查研究報告書，在展示部分，台灣歷史博物館負責歷史時期、年底完工的南科史博館負責史前部分、未來隆田也會有考古中心教育展示室，讓民眾親近文化遺產。
