針對這次台南大淹水，台灣水資源保育聯盟、台南市環境保護聯盟與台南市水資源保育聯盟27日召開記者會，除要求市府應檢討不當堤防加高；水閘門、抽水工程阻礙自然宣洩排水；並反對新吉及七股工業區開發；反對南科擴廠草率環評及應做流行病學調查等。
台南市環境保護聯盟黃安調理事長表示，極端氣候豪降雨，本月23、24日台南、嘉義、高雄等氣象站，2日累積降雨量高達642、613、412毫米，但是，台南市北門蚵寮、學甲工業區、麻豆小埤里、鹽水飯店里，白河白水溪沿岸、七股龍山、安定中崙等地區，縣市合併後的治水方式卻是堤防加高、抽水站、水閘門工程等造成大雨停後，淹水區仍無法自然宣洩消退，只能靠抽水機抽水，民眾苦不堪言。市府應改以自然宣洩方式治水。另外，民眾也抱怨區長官派後，許多外地來的區長不了解地方問題，造成治水錯誤狀況外浪費公帑，要求改善。
黃安調指出，都會區淹水區域像台南市安中路一＆二段、長和路二段、北安路三段、長溪路怡安路口、裕農路涵洞、長榮＆小東＆四維＆林森地下道，永福路友愛街口、大灣交流道便道則為新淹水地區，長榮＆小東＆四維＆林森地下道等地區是台南鐵路地下化工程地區，台南市政府應再評估該計畫施工之可行性。另外，水利署認為，以後治水應重視流域綜合治理、逕流分擔、出流管制，策略似乎流於口號未能服人；其他地球自轉、月球公轉、滯留鋒面、河相改變、地相改變、災源管制、整治工法…，都應納入整體考量。
台灣水資源保育聯盟學術召集人陳椒華表示，新吉及七股工業區分別占地達123及142公頃，屬位於優良農地之草率環評開發案，23、24日大雨，新吉工業區預定地附近已淹水嚴重，如果未來開發淹水將非常嚴重，要求市府停止新吉及七股工業區開發，要求政府應檢討台南市(還有高雄、嘉義、雲林、屏東等縣市)之國土計畫，停止台十七公路沿線工業區開發。
另外，環保署目前進行南科擴廠環差，並未交代化學品，而且一次審查就草率通過專案環評審查，南科已運轉20年，環保署環評會至少應先要求南科進行「流行病學調查」，重新嚴謹審查。
