針對市議員蔡育輝質詢「93年辦理之台南科學園區LM特定區開發案廠商資格不符」以及「仁德南紡工業用地陳情變更」等議題，南市府聲明指出，南科興業公司一切均符合政府招標資格規定，南科區段徵收土地開發費用及讓售地價均依法辦理，絕無圖利事實；仁德都市計畫變更案，並無南紡工業用地變更。
市府表示，南科LM區開發案為92年行政院專案核准「公開甄選開發廠商，由得標廠商籌措開發資金參與辦理區段徵收，並將開發後剩餘可建築土地讓售予廠商折抵開發總費用」之案件，市府於93年辦理南科特定區招商作業，其中LM開發區塊由南科聯合興業股份有限公司投標，市府依據政府採購法相關規定召開審查會議，審查其財力及經驗能力，以確保廠商開發資金、執行能力無虞，當時之投標廠商資格規定：「實收資本額應在新台幣10億元以上，或最近3年（民國89～91年）平均年營業總額在新台幣20億元以上，並提出新台幣20億元以上之融資同意書或擔保證明。惟實收資本額不足新台幣10億元或最近3年平均年營業總額不足新台幣20億元者，應提出本國銀行或在台灣設有分行之外國銀行新台幣30億元以上之融資同意書或擔保證明。」南科聯合興業股份有限公司經審查，符合上述規定，並無資格不符之疑慮。
市府指出，南科LM區段徵收區開發面積為87.04公頃，依前開報經行政院核准之辦理原則，開發後全部剩餘土地需讓售予廠商折抵開發總費用，而本案開發商支出開發總費用約為29億3,500萬元(包含地價及地上物補償、工程費用貸款利息等)，依土地徵收條例第44條第3項規定評定讓售地價約為29億8,400 萬元(包含開發總費用、回饋金1000萬及差額現金)，並無圖利廠商之疑義。
本案開發完成後，市府無償取得19.95公頃之公共設施用地，如當時以一般徵收公告現值加4成計算可節省支出19億購地成本及24.6億開發建設費用，且LM區目前開發率已達7成，已陸續帶動特定區發展，滿足科園園區生活服務機能。
至於仁德都市計畫區，距前次通盤檢討發布實施迄今已有8年，因此市府依都市計畫法第19條規定於去（106）年10月12日公告辦理「仁德都市計畫（第三次通盤檢討）案」公開展覽作業，並於11月3日在仁德區公所舉辦說明會。有關仁德南紡2萬多坪工業用地變更部分，在本次通盤檢討公展草案內容並未有此變更案件；至於公開展覽期間任何公民或團體之陳情意見處理，依上開都市計畫法第19條之規定，應以書面載明向本府提出意見，先由本市都市計畫委員會予以參考審議，後續將連同審議結果及主要計畫再報請內政部都市計畫委員會賡續審議。有關本次通盤檢討現正由本市都市計畫委員會審議中，後續將依上開規定程序辦理。
