臺南大學透過全校公聽會與校務會議方式，即片面宣稱取消「臺南大學遷校七股校區」計畫，市府除深表遺憾，亦聲明臺南大學此舉不符行政程序，不但浪費教育部補助7.35億元公帑，更辜負臺南市與七股地區居民對臺南大學的用心與期待。
市府指出，臺南大學於86年向教育部提報七股校區設置計畫，行政院89年同意籌設，如今未循正當程序提報中央核准，即片面取消遷校七股校區，是不符行政程序，亦不尊重行政倫理。
市府說，為協助臺南大學既有空間不足之窘境，市府積極協助校方開發七股校區，不僅無償撥用市有地，協助土地變更與環評等行政程序，更居中協調內政部營建署南工處代為施作校區公共工程。而臺南大學卻不斷調整設校方向，反覆修正設校計畫數10次以上，行政效率牛步，校區建設延宕13年餘。
市府表示，當時同樣區位偏遠、人煙罕至之交通大學臺南歸仁校區，在教育部96年10月原則同意、行政院97年7月同意成立後，2年內即開始正式對外招生，迄今已有光電所等3個系所約110名博碩生，招生情況穩定，近年更配合綠能政策，積極爭取第二期校區之開發，並未受少子化影響。相較之下，台南大學13年來都未主動進行工程設計，一再提案變更地點，導致進度嚴重拖延，與交大全力衝刺招生的態度宛如天壤之別，令人遺憾。
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