台南市107年度總預算案歲出編列848億7,708萬7千元，歲入亦同，零舉債，其中教育科學文化支出約占36.42%最多，其次為經濟發展支出約占19.24%，兩者皆較106年度成長，顯示市府對於教育、文化以及工務、水利、交通等經濟發展面向的重視。
市府表示，台南市99年12月25日改制升格，但因為「財政收支劃分法」仍未完成立法程序，合併升格以來，預算規模還是停留在縣市的加總，而未能有直轄市的格局，加上南市自有財源比率在6都中仍屬最低，故在面臨歲入自有財源不足，巨額負債必須償還前提下，各年度總預算之籌編仍非常困難。
自99年縣市合併後，賴清德甫接任台南市長時，總共債務約為1007億元，已達舉債上限，這6到7年來，一方面議會監督，一方面台南市政府各局處落實財政紀律，統計約到106年底為止，共可償還157億債務，舉債空間加大；此外，104年度，年底結算賸餘20幾億，105年賸餘也有3000多萬，而107年度的預算核列更已達收支平衡。
市府指出，台南市107年度總預算案持續落實零基預算精神，就原有之各項計畫及擬議之新興計畫加以檢討，依施政輕重緩急，排定優先順序，做好妥適的安排；此外市府也陸續進行或完成，包含新10大旗艦計畫等重大建設，其中包含平實營區市地重劃區開發案、九份子重劃區開發案、永康砲校遷移及關廟校區興建案等重大開發案，可大幅挹注市庫財源，將為台南創造更好的投資環境，帶來城市發展。
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