外界傳言，台灣有逾5000名共諜活動，連中央政府機關都遭滲透。綠委認為中共不會放棄滲透台灣，首要目標放在外交、國防、經濟、教育等部會，但府院與各部會皆否認被共諜滲透。不具名的情治高層官員表示，情治單位從沒說過台灣有5000名共諜，這個說法太誇張。

2003～04年曾於扁政府時代任國防部副部長的林中斌，昨接受訪問時說，前國安局長殷宗文生前對他說在台潛伏共諜有5000位，事隔多年，他仍相信這個數字應更多。過去他在總統府、陸委會等單位開會的資料，很快就流出去，這些親身經歷，讓他相信潛伏在台的共諜人很多。

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