新竹市兒童醫院BOT案簽約時，興建營運移轉容機率為250％，但馬偕醫院在26日舉辦的環境影響評估說明會中，其委託的規畫設計公司卻只有450%的容積率規格版本，沒有250%容積率版本，引起現場民眾嘩然。市議員林耕仁質疑此案是先射箭再畫靶，要求市府與馬偕醫院應向市民說清楚。
林耕仁表示，新竹馬偕醫院院長蘇聰賢12月22日才發表道歉聲明，澄清無論林智堅個人或其市府團隊，從未向蘇聰賢保證新竹兒童醫院興建營運移轉之容機率將由250%提高至450%，或向新竹馬偕醫院為類似言論。但26日的環評說明會，卻僅提出450%的容積率的規劃，啟人疑竇。
林耕仁表示，環評說明會中，馬偕醫院指出噪音評估在200公尺範圍內不會造成影響，但鄰近的建功高中距離醫院不到100公尺，且與醫院僅有一牆之隔的華夏金城住戶大樓，居然未列入噪音評估之中，如此粗糙的環評，不但引起民眾不滿，且其專業性亦令人存疑。
林耕仁指出，竹苗地區兒童醫療資源不足，市民樂見兒童醫院興建，新竹市馬偕兒童醫院是地方政府與民間合作興建兒童醫院的首例，但占地僅0.73公頃，不但位在斷層帶範圍內，建地不完整及空間不足，且針對附近居民所提出的種種疑慮，市府皆未召開公聽會與民眾溝通，獲取共識。
馬偕醫院爭議不斷，新竹兒童醫院BOT案的進度因此受到影響。林耕仁要求市府及馬偕醫院，應主動蒐集彙整附近居民的意見，並納入各項評估之中，同時針對民眾的疑慮解釋清楚。
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